Химическая генетика - новое направление исследований XXI века - перспективно в рациональном поиске лекарств, регуляторов роста растений, поведения насекомых, фунгицидов, гербицидов для открытия мишеней их действия и конструирования молекул-лидеров с такой биологической активностью. Если традиционно в генетике используют мутации определенных генов для изучения их функции, то в химической генетике используют ферменты-мишени и природные небольшие молекулы - ингибиторы или эффекторы этих ферментов для определения функций белков. Далее на основе этих молекул создаются аналоги. Для выбора наиболее эффективных ингибиторов (регуляторов) необходимы данные о трехмерной структуре фермент-ингибиторного комплекса. Благодаря быстрым успехам в выделении белков, их очистке и кристаллизации, количество белков, трехмерная структура которых опубликована в общедоступной базе данных, превышает 19 тысяч и постоянно растет.
http://www.rcsb.org/pdb/home/home.do PDB = Protein Data Bank
RCSB PDB Protein Data Bank/Home
Создание лекарств и пестицидов на основе структуры молекул-ингибиторв ферментов требует очищенных белков в относительно больших количествах, возможности их рентгеноструктурного анализа, компьютерных моделирующих программ. Это междисциплинарный подход, основанный на эффективном сотрудничестве химиков, биохимиков, биофизиков и компьютерных химиков. Быстрый прогресс методов кристаллизации белков делает поиск биологически активных соединений, основанный на структуре молекул, обычным методом. Успех этого метода будет зависеть от создания библиотек соединений, сфокусированных на ингибиторах ферментов в сочетании со случайным скринигом коллекций соединений или природных веществ. Единственным препятствием на этом пути является поиск реального и возобновляющегося источника новых соединений для скрининга. Таким источником становится комбинаторная химия т.к. она обеспечивает эффективный и малозатратный синтез большого числа новых соединений/ Перед синтезом часто создаются виртуальные библиотеки, которые подвергаются скринингу in silicio, если есть информация по структуре белков-мишеней. Все это позволяет химикам начать с большой виртуальной библиотеки и направленно синтезировать соединения с биологической активностью.
Методы химической генетики позволяют скринировать от 10 тысяч до миллиона небольших молекул с выходом от 10 до 1000 молекул, связывающихся с белком-мишенью. Эти молекулы повторно тестируют несколько раз в различных условиях и те, которые проходят следующие тесты, используют для определения последствий изменения функции белка мишени в организме животного, гриба, насекомого или растения. В настоящее время создаются банки химических соединений (ChemBank), большие, доступные в Интернете базы данных, связывающие небольшие молекулы со специфическим действием на определенные белки, клетки и организмы. Исследователи могут использовать программные средства химического банка для анализа доступных данных, а также экспортировать эти данные на свои компьютеры.

The World Wide Protein Data Bank (wwPDB) – The World Wide Protein Data Bank (wwPDB) – интернациональное собрание всех опубликованных полученных опытным путем данных по трехмерной структуре макромолекул. Основан в 1971 году докторами Edgar Meyer и Walter Hamilton в Brookhaven National Laboratory. Затем она трансформировалась в Research Collaboratory for Structural Bioinformatics (RCSB). Rutgers (Университет штата Нью Джерси, США) - ведущий сайт под управлением Helen M. Berman. В 2008 г. имел три официальные ветви: the Research Collaboratory for Structural Bioinformatics (USA), the European Bioinformatics Institute (UK), and the Protein Data Bank Japan. Периодически PDB обновляет данные архивных файлов. Обновление включает устранение ошибок и улучшение формата данных PDB data format. Последнее обновление было в марте 2009 г. Для этого вносят изменения в бесплатный пакет программ Jmol, Детали на World Wide PDB. В PDB имеется несколько бесплатных автоматических сервисов, улучшающих большинство опубликованных моделей, например, Improving published models и Quality assessment for molecular models.
Источники "http://www.proteopedia.org/wiki/index.php/Protein_Data_Bank"
• World Wide Protein Data Bank
• RCSB PDB
• Protein Data Bank in Wikipedia
• Protein Data Bank at PDBWiki.Org
• Earliest Solutions for Macromolecular Crystal Structures
• See also Theoretical Models.

Целый ряд free баз данных есть на сайте http://mits.nims.go.jp/
Там у них есть в том числе БД Pauling File, позволяющая "вертеть" структуру. В отличие от упомянутой вами COD Subset, где все крайне фрагментарно ( из боридов металлов 1-2 групп видел только MgB2, Be2B, Mg2B14, и еще, кажется, что-то из гексаборидов ЩЗМ), там известные бориды и высокобористые соединения представлены более или менее полно. Я благодаря Н.Н. Киселевой, разработчице баз данных ИМЕТа, которая поддерживает контакты с разработчиками этого сайта, имел возможность работать с дисковой версией Pauling File, там все работает, и структуру вертеть, и измерять межатомные расстояния, только показ цветов атомов барахлил - не по типу атома был, а непонятно откуда. А через интернет то визуализация вообще не срабатывала (в мозилле), то была статичной (в эксплорере), м.б., я просто чего-то не понял - но факт, что с пол-пинка не запускается. Н.Н. Киселева говорила, что у них там чисто технические проблемы с программистами, разбирающимися в предмете, и никак не могут с этим разобраться.
Кембриджскую структурную базу данных Кембридж, видимо, понимая материальное положение наших ученых и то, что среди них преобладают те, кто на полуголом энтузиазме не даром свой хлеб едят, предоставляет возможность по 1 экземпляру базы данных на каждый наш академический институт по заказу поставить бесплатно, заказывать надо через З.А. Старикову в ИНЭОСе, дополнительные экземпляры - по 100, тоже более чем терпимо.
Где заполучить нужную мне неорганическую структурную базу ICSD в России, без непреодолимо идиотских бухгалтерских проблем, пока не знаю.